セミナー・勉強会

2024年度 研究室セミナー・勉強会

学内からの参加は飛び入りでも構いません。研究室配属前の1-3年生でも参加は可能ですが、一通りの専門授業を受けてからでないと、理解するのはなかなか大変かもしれません(参加自体は歓迎です)。他研究室からの参加・聴講も歓迎します。

学外からの参加を希望する人は、事前に岩崎までメールをお願いします(入構申請などが必要)。大学院などで岩崎研を考えている人は、早めの段階で、少なくとも1回はセミナーに参加して雰囲気を体験することをオススメしています。

前期は、毎週火曜の13:20～16:30頃で行っています(理2-405 第2講義室)です。

特に論文紹介でどんな論文を選んで読んでいるかは、岩崎研の方針や興味を知る上で役に立つと思います。できるだけ、各自の研究テーマのお手本や重要な参考になるような論文を選び、それを精読するようにしています。

  • 4/9　ガイダンスと大掃除(岩崎)
  • 4/16　論文紹介(B4 小林沙月、B4 福田萌)
    (小林)Hamabata T, Kinoshita G, Kurita K, Cao P-L, Ito M, Murata J, Komaki Y, Isagi Y, Makino T (2019) Endangered island endemic plants have vulnerable genomes. Communications Biology 2:244  https://doi.org/10.1038/s42003-019-0490-7
    (福田)Yang M, Sun Y, Zhang W, Yuan H, Zhang M (2019) Variation in winter daily range area of red deer (Cervus elaphus xanthopygus) based on DNA extracted from fecal samples. Journal of Forestry Research 30:1951-1958  https://doi.org/10.1007/s11676-018-0754-y
  • 4/23　論文紹介(B4 木下舞香、B4 吉田かなみ)
    (木下)Itoh M, Fukunaga K, Osako T (2024) Local adaptation in parapatric and sympatric mosaic coastal habitats through trait divergence of Setaria viridis. Journal of Ecology   https://doi.org/10.1111/1365-2745.14269
    (吉田)Yang W, Feng L, Jiao P, Xiang L, Yang L, Olonova MV, Chepinoga VV, Al-Shehbaz IA, Liu J, Hu Q (2023) Out of the Qinghai-Tibet plateau: Genomic biogeography of the alpine monospecific genus Megadenia (Biscutelleae, Brassicaceae). Molecular Ecology 32:492-503  https://doi.org/10.1111/mec.16764
  • 5/14　論文紹介(M1 秋本香奈子)
    Lepais, O., Aissi, A., Véla, E. et al. Joint analysis of microsatellites and flanking sequences enlightens complex demographic history of interspecific gene flow and vicariance in rear-edge oak populations. Heredity 129, 169–182 (2022). https://doi.org/10.1038/s41437-022-00550-0
  • 5/21　論文紹介(M1 佐川千理)
    Luo X, Li H, Wu Z, Yao W, Zhao P, Cao D, Yu H, Li K, Poudel K, Zhao D, Zhang F, Xia X, Chen L, Wang Q, Jing D, Cao S (2020) The pomegranate (Punica granatum L.) draft genome dissects genetic divergence between soft- and hard-seeded cultivars. Plant Biotechnology Journal 18:955-968　https://doi.org/10.1111/pbi.13260
  • (5/27-28　ゼミ合宿の予定でしたが、悪天候のために延期になりました)
  • 6/4　論文紹介(M1 児玉円)
    Falahati-Anbaran M, Rijal DP, Lundemo S, Alsos IG, Stenøien HK (2021) Disentangling the genetic origin of Heracleum persicum (Apiaceae) in Europe: multiple introductions from multiple source populations. Biol Invasions 23:3871-3890　https://doi.org/10.1007/s10530-021-02618-0
  • 6/11　圃場整備・実験室大掃除(新しい冷凍庫の納入のため)
  • 6/18　論文紹介(M2 髙橋弥生)
    Liu X, Zhang S, Cai Z, Kuang Z, Wan N, Wang Y, Mao L, An X, Li F, Feng T, Liang X, Qiao Z, Nevo E, Li K (2022) Genomic insights into zokors’ phylogeny and speciation in China. Proceedings of the National Academy of Sciences 119:e2121819119　https://doi.org/10.1073/pnas.2121819119
  • 6/25　論文紹介(M2 毛利陽香)
    Karbstein K, Tomasello S, Hodač L, Wagner N, Marinček P, Barke BH, Paetzold C, Hörandl E (2022) Untying Gordian knots: unraveling reticulate polyploid plant evolution by genomic data using the large Ranunculus auricomus species complex. New Phytologist 235:2081-2098　https://doi.org/10.1111/nph.18284
    7/2　研究進捗紹介(M2 毛利陽香、M1 秋本香奈子、M1 佐川千理)
  • 7/9　オープンキャンパス準備
  • 7/16　研究進捗紹介(M2 髙橋弥生、M1 児玉円)
  • 7/23　予備日
  • 8/5　前期打ち上げ
  • 8/6　研究進捗紹介+論文紹介(M2 坂井遥)+大掃除
    Kadowaki, K., Honjo, M. N., Nakamura, N., Kitagawa, Y., Ishihara, M. I., Matsuoka, S., Tachiki, Y., Fukushima, K., Sakaguchi, S., Mizuki, I., Fujiki, D., Sakai, M., Takayanagi, A., Yamasaki, M., Tokuchi, N., Takahashi, D., Nagasawa, K., & Masuda, K. (2023). eDNA metabarcoding analysis reveals the consequence of creating ecosystem-scale refugia from deer grazing for the soil microbial communities. Environmental DNA, 5, 1732–1742. https://doi.org/10.1002/edn3.498

8/7-9月については野外調査も多数入るため、毎週のゼミはお休みにします。
ただし、学会発表(9/14-16 日本植物学会)やB4の中間発表(9/24)、大学院入試対策などもあるので、不定期に発表練習やゼミなどを行います。

 

  • 2024年度 勉強会(B3向け)

岩崎研では7月に3年生が仮配属された後、研究のための基礎力を鍛えるため、3年生を主対象とした勉強会を行っています。最初は仮配属のB3全員で協力しながら論文1本を精読し、英語学術論文における文法や読み方を丁寧に議論しながら全文訳します。これによって、英語論文を読むための基礎を再確認します。

仮配属された学生の授業スケジュールや人数次第ですが、夏休み～後期の期間に、おおむね週1で2～3時間ずつ実施します。

論文輪読終了後は、RやGISなどのPCを用いた解析の基礎を身に付けつつ、DNA抽出やPCR、電気泳動などの基礎的な実験手法を練習します。学生メンターとして、大学院生に指導してもらうこともあります。

ただし、どこまで進められるかは、B3でスケジュールがどれぐらい合うかにもよります。後期授業期間中は、水曜午後～夕方に行う可能性が高いので、仮配属希望の人はそのつもりでいてください。

仮配属前に勉強会の内容が気になる人は、研究室の先輩に聞いて下さい。

 

2023年度 研究室セミナー・勉強会

2023年度前期は、基本的に毎週火曜日の13:20～最大16:30に、理学部2号館405号室(第2講義室)で対面で行います。やむを得ない事情で事前連絡があれば、オンライン参加も可能です。

    • 4/2　一貫トラック発表練習会(秋本、児玉、佐川)
    • 4/11　年度初めのオリエンテーション+大掃除
    • 4/18　全員で研究目標・研究計画の発表(スライドはタイトルを除いて5枚)
    • 4/25　秋田研究室(北大)との合同ゼミ(オンライン)
    • 5/2　論文紹介(担当: B4 佐川千理)
      Naito K, Wakatake T, Shibata TF, Iseki K, Shigenobu S, Takahashi Y, Ogiso-Tanaka E, Muto C, Teruya K, Shiroma A, Shimoji M, Satou K, Hirano T, Nagano AJ, Tomooka N, Hasebe M, Fukushima K, Sakai H (2022) Genome sequence of 12 Vigna species as a knowledge base of stress tolerance and resistance. bioRxiv:2022.2003.2028.486085  https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.03.28.486085v1
    • 5/9　論文紹介(担当: B4 児玉円)
      Shaw EC, Fowler R, Ohadi S, Bayly MJ, Barrett RA, Tibbits J, Strand A, Willis CG, Donohue K, Robeck P, Cousens RD (2021) Explaining the worldwide distributions of two highly mobile species: Cakile edentula and Cakile maritima. Journal of Biogeography 48:603-615 https://doi.org/10.1111/jbi.14024
    • 5/16　論文紹介(担当: B4 秋本香奈子)
      Arjona Y, Fernández-López J, Navascués M, Alvarez N, Nogales M, Vargas P (2020) Linking seascape with landscape genetics: Oceanic currents favour colonization across the Galápagos Islands by a coastal plant. Journal of Biogeography 47:2622-2633  https://doi.org/10.1111/jbi.13967
    • 5/23　論文紹介(担当: B4 中嶋菜月)
      Honjo MN, Marhold K, Kudoh H (2020) Experimental Evaluation of Differences in Plastic Phenotypes between Cardamine fallax and C. occulta: Effects of Seasonality on Phenology and Gross Morphology. Acta Phytotaxonomica et Geobotanica 71:23-32 https://www.jstage.jst.go.jp/article/apg/71/1/71_201912/_article
    • 5/30　論文紹介(担当: M1 髙橋弥生)
      Buckley SJ, Brauer CJ, Unmack PJ, Hammer MP, Beheregaray LB (2022) Variation in intraspecific demography drives localised concordance but species-wide discordance in response to past climatic change. BMC Ecology and Evolution 22:35
      https://bmcecolevol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-022-01990-2
    • 1週休み
    • 6/13　論文紹介(担当: M1 毛利陽香)
      Chao Y-S, Ebihara A, Chiou W-L, Tsai J-M, Huang Y-W, Ranker TA (2022) Reticulate evolution in the Pteris fauriei group (Pteridaceae). Scientific Reports 12:9145 https://doi.org/10.1038/s41598-022-11390-7
    • 6/22(木) 10:30～　※通常と、曜日・時間・場所が異なるので注意。場所は理1-601の第2実習室です。　論文紹介(担当: M1 坂井遥)
      Fujii T, Ueno K, Shirako T, Nakamura M, Minami M (2022) Identification of Lagopus muta japonica food plant resources in the Northern Japan Alps using DNA metabarcoding. PLOS ONE 17:e0252632 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0252632
    • 6/27(火) ゲストセミナー(岩手大学大学院連合農学研究科D3、山形大学・斎藤昌幸研究室所属　榎本孝晃さん)
    • 7/11(火)前期進捗発表(B4、M1全員)
    • 8/7(月)植村研・加藤研との合同ゼミ@国際交流プラザ
    • 8/8(火)15:00～(予定) 理学部2号館講義室(理2-405)ゲストセミナー
      • 兼子伸吾 博士(福島大学 共生システム理工学類 准教授)「福島県内の低線量放射線被ばくは樹木次世代の新規突然変異を増やしていないー野外に生育する樹木を対象とした実証研究」
      • 高木俊人 博士(福島大学 共生システム理工学類 特任助教)「生きる文化財⁉ 奈良のシカの起源に迫る―紀伊半島のニホンジカの遺伝構造とその形成過程―」
    • 11/5　関東植物分類合同ゼミ(お茶大で開催)
    • 11/10　研究計画・進捗発表(B4・M1)
    • 12/1　論文紹介(髙橋弥生)
      Yoichi W, Tamaki I, Oh S-H, Nagano AJ, Uehara K, Tomaru N, Abe H (2023) The evolutionary history of rice azaleas (Rhododendron tschonoskii alliance) involved niche evolution to a montane environment. American Journal of Botany 110:e16166　https://doi.org/10.1002/ajb2.16166
    • 12/8　論文紹介(児玉円・毛利陽香)
      (児玉)Matsuhashi S, Kudoh H, Maki M, Cartolano M, Tsiantis M, Itagaki T, Sakai S (2016) Invasion history of Cardamine hirsuta in Japan inferred from genetic analyses of herbarium specimens and current populations. Biol Invasions 18:1939-1951  https://doi.org/10.1007/s10530-016-1139-9
      (毛利)Sun Q-H, Morales-Briones DF, Wang H-X, Landis JB, Wen J, Wang H-F (2021) Phylogenomic analyses of the East Asian endemic Abelia (Caprifoliaceae) shed insights into the temporal and spatial diversification history with widespread hybridization. Annals of Botany 129:201-216 https://doi.org/10.1093/aob/mcab139
    • 12/12　日韓三女子シンポの発表練習
    • 12/22　論文紹介(佐川千理)
      Xu B, Liao M, Deng H-n, Yan C-c, Lv Y-y, Gao Y-d, Ju W-b, Zhang J-y, Jiang L-s, Li X, Gao X-f (2022) Chromosome-level de novo genome assembly and whole-genome resequencing of the threatened species Acanthochlamys bracteata (Velloziaceae) provide insights into alpine plant divergence in a biodiversity hotspot. Molecular Ecology Resources 22:1582-1595  https://doi.org/10.1111/1755-0998.13562
    • 1/12　論文紹介(坂井遥・秋本香奈子)
      (坂井)Spitzer R, Coissac E, Felton A, Fohringer C, Juvany L, Landman M, Singh NJ, Taberlet P, Widemo F, P.G.M. Cromsigt J (2021) Small shrubs with large importance? Smaller deer may increase the moose-forestry conflict through feeding competition over Vaccinium shrubs in the field layer. Forest Ecology and Management 480:118768  https://doi.org/10.1016/j.foreco.2020.118768
      (秋本)Tutar O, Ruocco M, Dattolo E, Lacorata G, Corrado R, Watteaux R, Iudicone D, Fach B, Procaccini G (2022) High levels of genetic diversity and population structure in the Mediterranean seagrass Posidonia oceanica at its easternmost distribution limit. ICES Journal of Marine Science 79:2286-2297  https://doi.org/10.1093/icesjms/fsac163
    • 1/19　研究進捗発表(M1)
    • 1/26　卒研発表練習(第1回)
    • 2/1　卒研発表練習(第2回)
    • 2/4　卒研発表練習(第3回)
    • 2/9　研究計画発表(B3)
    • 2/16　論文紹介(B3)
      Benton MJ, Wilf P, Sauquet H (2021) The Angiosperm Terrestrial Revolution and the origins of modern biodiversity. New Phytologist 233:2017-2035  https://doi.org/10.1111/nph.17822
    • 3/1　植物分類学会発表練習
    • 3/26　奈良女子大(井田研)との合同セミナー
    • 3/29　一貫トラック発表練習

  • 2023年度 勉強会(B3向け)

岩崎研では7月に3年生が仮配属された後、研究のための基礎力を鍛えるため、3年生を主対象とした勉強会を行っています。最初は仮配属のB3全員で論文1本を精読し、英語学術論文における文法や読み方を丁寧に議論しながら全文訳します。これによって、英語論文を読むための基礎を再確認します。

論文輪読終了後は、RやGISなどのPCを用いた解析の基礎を身に付けつつ、DNA抽出やPCR、電気泳動などの基礎的な実験手法を練習します。

仮配属された学生の授業スケジュールや人数次第ですが、夏休み～後期の期間に、おおむね週1で2～3時間ずつ実施します。

仮配属前に勉強会の内容が気になる人は、研究室の先輩に聞いて下さい。

 

 

2022年度 研究室セミナー・勉強会(済み)

2022年度 前期

2022年度前期は、基本的に毎週木曜日の13:20～15時頃(最大でも16時)で行いました。オンライン中心のハイブリッド(研究室からのオンライン参加含む)での実施でした。

  • Special回 4/4 (月) (非公開・オンライン)　奈良女子大学・井田研究室との合同ゼミ (井田崇准教授のHP:  https://tyidalab.wixsite.com/mysite)
  • 第1回 4/7 (木) 13:20～ (非公開・オンライン)　研究室オリエンテーション(岩崎貴也)
  • 第2回 4/14 (木) 13:20～ (オンライン)　4年生による研究計画発表
  • 第3回 4/21 (木) 13:20～ (オンライン)　論文紹介(担当: B4 毛利陽香)
    Wan J-N, Guo Y-P, Rao G-Y (2020) “Unraveling independent origins of two tetraploid Achillea species by amplicon sequencing.” Journal of Systematics and Evolution 58:913-924  https://doi.org/10.1111/jse.12544
  • 第4回 4/28 (木) 13:20～ (オンライン)　論文紹介(担当: B4 髙橋弥生)
    Kikuchi S, Osone Y (2020) “Subspecies divergence and pronounced phylogenetic incongruence in the East-Asia-endemic shrub Magnolia sieboldii.” Annals of Botany 127:75-90  https://doi.org/10.1093/aob/mcaa174
  • 5/12 (木) 13:20～ 　ゼミは休みで、研究室整備
  • 第5回 5/19 (木) 13:20～ (オンライン)　研究紹介「大気汚染が森林へ及ぼす影響:丹沢の衛星画像解析とブナ酸性霧暴露実験から」(担当: 岩崎貴也)
  • 5/26 (木)　=> 発表者に急用が入ったため、7/5(水)に延期。代わりに研究室の整備をしました。
  • 第6回 6/2 (木) 14:20～16時頃、最大17:00 ※時間注意 (オンライン)　論文紹介(担当: B4 坂井遥)
    Nakahama N, Furuta T, Ando H, Setsuko S, Takayanagi A, Isagi Y (2021) DNA meta-barcoding revealed that sika deer foraging strategies vary with season in a forest with degraded understory vegetation. Forest Ecology and Management 484: 118637  https://doi.org/10.1016/j.foreco.2020.118637
  • 第7回 6/9 (木) 13:20～ (オンライン)　勉強会「植物多様性研究における腊葉(押し葉)標本の重要性と活用」(担当: 岩崎貴也)
  • 第8回 6/23 (木) 13:20～ (オンライン)　研究紹介「キク科における形態・生活史の種内多型」(担当: 学部教育研究協力員　中川さやか)
  • 第9回 6/30 (木) 13:20～ (オンライン)　研究紹介「ユーラシア大陸の温帯に広域分布するアブラナ科植物ジャニンジンを対象にした分子系統地理・適応進化研究」(担当: 岩崎貴也)
  • 第10回 7/5 (火 ※通常と曜日が異なるので注意) 13:20～ (オンライン)　研究紹介「オサムシ科甲虫を中心とした地表徘徊性甲虫についての環境指標性解析」(担当: 学部教育研究協力員　志村映実)
  • 第11回 7/21 (木) 13:20～ (オンライン)　研究紹介ゲストセミナー「中型食肉目動物の食性研究:餌資源量と種間関係に着目して」(岩手大学大学院連合農学研究科D2、山形大学・斎藤昌幸研究室所属　榎本孝晃さん)
  • 第12回 7/28 (木) 13:20～ (オンライン)　B4研究進捗発表+前期打ち上げ
  • Special回 8/25(木) 2022年度夏季関東圏系統分類ゼミ(主催:東京都立大学)に参加しました。岩崎研からは、B4の毛利陽香さんが自身の研究紹介を行いました。

2022年度 後期

後期の岩崎研セミナーは、毎週金曜の13:20-最大16:30(メンバーによるセミナー後の掃除時間も含む。3月末まで)で行います。
対面重視のハイブリッド形式で行います(研究室の正式メンバーは、体調不良や特別な用事が無い限り、基本は対面参加)。対面の場所は、理2-405です。

2年生以下でも他研究室でも、セミナーを聴講したい場合は自由にどうぞ。歓迎します。オンライン参加希望の場合は、岩崎までメールをください。

  • 10/7　オリエンテーション+大掃除
  • 10/14　岩崎　研究紹介
  • 10/21　B4(坂井さん、髙橋さん、毛利さん) 廊下のポスターを使っての卒研中間発表
  • 10/28　調査のために休み
  • 11/4　みんなで圃場整理
  • 11/11　大学祭準備のために休み
  • 11/18　休み(11/30に移動)
  • 11/25　髙橋さん(B4)　論文紹介 Ortego J, González-Serna MJ, Noguerales V, Cordero Pedro J (2022) Genomic inferences in a thermophilous grasshopper provide insights into the biogeographic connections between northern African and southern European arid-dwelling faunas. Journal of Biogeography 49:1696-1710 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/jbi.14267
  • 11/30　B3(秋本さん、児玉さん、佐川さん、中嶋さん)による勉強会で読んだ論文紹介 Coates DJ, Byrne M, Moritz C (2018) Genetic Diversity and Conservation Units: Dealing With the Species-Population Continuum in the Age of Genomics. Frontiers in Ecology and Evolution 6 https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fevo.2018.00165/full
  • 12/2　毛利さん(B4) 論文紹介 Mishina T, Takeshima H, Takada M, Iguchi Ki, Zhang C, Zhao Y, Kawahara-Miki R, Hashiguchi Y, Tabata R, Sasaki T, Nishida M, Watanabe K (2021) Interploidy gene flow involving the sexual-asexual cycle facilitates the diversification of gynogenetic triploid Carassius fish. Scientific Reports 11:22485 https://www.nature.com/articles/s41598-021-01754-w
  • 12/9　岩崎不在のために休み
  • 12/16　坂井さん(B4) 論文紹介 Higashi Y, Hirota SK, Suyama Y, Yahara T (2022) Geographical and seasonal variation of plant taxa detected in faces of Cervus nippon yakushimae based on plant DNA analysis in Yakushima Island. Ecological Research 37:582-597 https://esj-journals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1440-1703.12319
  • 12/23　年末の進捗報告(全員)+大掃除
  • 1/6　大掃除
  • 1/13　相互論文探しの会
  • 1/20　第1回 B4の卒研発表練習(坂井さん、髙橋さん、毛利さん)
  • 1/27　第2回 B4の卒研発表練習(坂井さん、髙橋さん、毛利さん)
  • 1/31　生物学科の卒研発表会
  • 2/1　ライフサイエンス専攻の修論発表会
  • 2/10　B3の研究計画・経過発表
  • 2/17　中川さん(PD) 研究紹介 「4倍体キク科ヤマジノギク種群および近縁種の集団遺伝学的解析」
  • 2/22　奈良女子大・井田崇研究室との合同ゼミ@お茶大　「第2回 植物生態-東西合同ゼミ」　※ 2022年度は奈良女のメンバーがお茶大へ来てくれました。2023年度はお茶大メンバーが奈良へ行く予定です。
  • 2/27　日本植物分類学会大会での発表練習(髙橋さん、毛利さん)
  • 3/1　日本植物分類学会大会でポスター発表(髙橋さん、毛利さん)
  • 3/3～5　日本植物分類学会大会に参加
  • 3/17　2022年度冬季関東圏系統分類合同ゼミに参加(髙橋さんと坂井さんが研究紹介を行いました)
  • 3/17～21　日本生態学会(オンライン)に参加
  • 3/23　卒業式

2022年度 勉強会(B3向け)

岩崎研では7月に3年生が仮配属された後、研究のための基礎力を鍛えるため、3年生を主対象とした勉強会を行っています。

B4以上も参加することがあります。他の研究室の学生で参加したい人は岩崎まで連絡してください(安全上の問題から実験などは不可ですが、それ以外なら歓迎します)。

最初は、ゲノミクス時代における種-集団の連続性について、遺伝的多様性や保全ユニットの観点からまとめた下の総説を輪読しました。

Coates DJ, Byrne M, Moritz C (2018) Genetic Diversity and Conservation Units: Dealing With the Species-Population Continuum in the Age of Genomics. Frontiers in Ecology and Evolution Vol. 6 Article 165
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fevo.2018.00165/full

この輪読が終わった後は、文献探しや管理の方法、RやGISの使い方、DNA実験の基本など、本格的に研究を始める前に基礎として必要な内容を学びました。